Bộ truyện cũng gặp phải nhiều cuộc tranh cãi. Nó trở thành đề tài của nhiều vụ kiện pháp lý, phần lớn bắt nguồn từ những tổ chức tôn giáo người Mỹ cho rằng phép thuật trong truyện làm trẻ em bị mê hoặc, hoặc từ nhiều cuộc xung đột liên quan đến sự xâm phạm bản quyền và nhãn hiệu. Danh tiếng rộng khắp của bộ truyện và giá trị trên thị trường đã khiến Rowling, các nhà xuất bản và hãng phim Warner Bros phải dùng đến những biện pháp pháp lý để bảo vệ bản quyền của mình, bao gồm việc cấm bán những sản phẩm nhái theo Harry Potter, nhắm đến những người chủ các website lấy tên là Harry Potter và việc tác giả Nancy Stouffer kiện Rowling về việc mạo văn.